Besondere Aufmerksamkeit fordern Arbeiten für die Kirche. Sep Ruf errichtete in München die Kirche St. Johann von Capistran, die Zwölf Apostel Kirche, eine Marienkapelle und er baute die Christkönigkirche wieder auf. In Fulda erbaute er die Seminarkapelle für das Priesterseminar. Für alle Kirchen entwarf er die Ausstattung.